基于转录组基因快速定位
BSA与RNA-seq相结合，不仅可开发出大量的SNP标记，且结合BSA能够精细定位单性状紧密连锁的分子标记及基因，并进行转录组分析，同时显著降低研究成本。
Super BSA（快速基因定位 集群分析法 近等基因池法）
将简化基因组测序同集群分析分析法（BSA）相结合，实现目标性状的快速、准确、精细定位；具有混池规模大、标记密度高、数字化定量统计基因型频率等诸多优点。
RAD-Seq
基于酶切的简化基因组测序（RAD-Seq，Restriction-site Associated DNA Sequence）是对与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA进行高通量测序。